автореферат диссертации разослан  «  6  »  сентября   2011 года 




Скачать 167.54 Kb.
PDF просмотр
Название  автореферат диссертации разослан  «  6  »  сентября   2011 года 
страница3/11
Дата конвертации20.12.2012
Размер167.54 Kb.
ТипАвтореферат
1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11



СОДЕРЖАНИЕ РАБОТЫ 
1. Изучение регуляторных элементов, контролирующих экспрессию пуринового 
оперона Bacillus subtilis 
 
Схема структурной организации pur-оперона и его регуляции представлена на рис. 1. 
Данный раздел посвящен мутационному анализу лидерной области pur-оперона B. subtilis и 
выяснению  роли  пуриновых  оснований  в  регуляции  экспрессии  оперона  in  vivo  и  in  vitro  с 
участием  белка-репрессора  PurR  и  терминатора  транскрипции,  расположенного  в  лидерной 
области  оперона.  А  так  же  изучению  влияния  внутреннего  Rho-независимого  терминатора 
транскрипции,  находящегося  в  межгенном  участке    purF-purM,  на  экспрессию  дистальных 
генов pur-оперона. 
 
Рисунок 1. Схема структурной организации pur-оперона и его регуляции. 
В  верхней  части  рисунка  показано  относительное расположение 12  сцепленных  структурных  генов, 
образующих  pur-оперон  и  не  сцепленный  с  ними  ген  purR,  кодирующий  белок-репрессор  pur-
оперона.  В  нижней  части  рисунка  представлена  лидерная  область  pur-оперона  с  указанием  сайтов 
связывания  белка-репрессора  PurR,  сайта  связывания  РНК-полимеразы  (  -35  –  -  10),  старта 
транскрипции  (+1),  терминатора  транскрипции  (в  виде  шпилечной  структуры)  и  сайта  связывания 
рибосом (SD). 
1.1.  Клонирование лидерной области pur-оперона  и ее компьютерный анализ 
С использованием специфических праймеров, фланкирующих лидерную область pur-
оперона, проведена ПЦР амплификация соответствующего фрагмента хромосомы B. subtilis. 
Полученный  фрагмент,  содержащий  лидерную  область  pur-оперона,  был  клонирован  с 
использованием  рестриктаз  EcoRI  и  BamHI  в  полилинкерную  последовательность  вектора 
pDG268.  Секвенирование  клонированного  фрагмента  pur-оперона  подтвердило  его 
интактность.  На  рис.  2  представлена  нуклеотидная  последовательность  мРНК,  кодируемая 
лидерной областью гена pur-оперона. 
 
Рисунок 2. Сравнение нуклеотидной последовательности лидерных областей мРНК генов 
xpt и purE B. subtilis
Выделены  три  потенциальные  шпилечные  структуры  (P1/P1’,  P2/P2’  и  P3/P3’).  Гомологичные 
основания  подчеркнуты.  Жирным  шрифтом  выделены  основания,  в  которых  были  получены 

 


мутации,  а  соответствующие  нуклеотидные  замены  указаны  стрелками.  Нумерация  нуклеотидов 
приведена начиная со стартов транскрипции генов xpt и purE. 
Сравнение  нуклеотидной  последовательности  лидерной  области  pur-оперона    c 
последовательностями    лидерных  областей  xpt-pbuX-оперона  B.  subtilis  (рис.  2)  выявляет 
высокий  уровень  гомологии,  особенно  в  районе  так  называемого  G-бокса  (нуклеотиды  от 
+15  до  +90,  консервативные  нуклеотиды  подчеркнуты).  Более  того,  лидерная  область 
содержит три пары антипараллельных последовательностей, которые способны формировать 
потенциальные  шпилечные  структуры:  P1/P1’,  P2/P2’  и  P3/P3’.    Расположение  этих 
потенциальных  шпилек  практически  полностью  совпадает  с  таковым  в  лидерных  областях 
xpt-pbuX-оперона B. subtilis. Потенциальные вторичные структуры мРНК, формирующиеся в 
процессе транскрипции, могут быть смоделированы с помощью алгоритма Цукера-Тернера, 
который основан на минимизации свободной энергии в процессе фолдинга РНК. 
Модель двух наиболее вероятных альтернативных вторичных структур лидерной мРНК 
pur-оперона  представлена на рис. 3. 
 
Рисунок 3. Модель вторичной структуры лидерной области pur-оперона B. subtilis (G-бокс). 
Основания, в которых были получены мутации выделены рамками, а соответствующие нуклеотидные 
замены  указаны  стрелками.  Три  потенциальные шпилечные  структуры  указаны как  P1/P1’,  P2/P2’ и 
P3/P3’.  Серым  цветом  выделены  области,  взаимодействие  которых  приводит  к  образованию 
альтернативной  структуры  –  антитерминатора  транскрипции.  Штрихпунктирной  рамкой  выделена 
область с 44 по 54 нуклеотид.  
Одна из конфигураций (по аналогии с  xpt-pbuX-опероном – в присутствии пуриновых 
оснований) 
может 
формироваться 
за 
счет 
комплементарного 
взаимодействия 
последовательностей  P1  и  P1’    и  последовательностей  T  и  T’,  образующих  терминатор 
транскрипции  (рис.  3).  Образование  альтернативной  конфигурации  (в  отсутствие  пуринов) 
может 
происходить 
за 
счет 
формирования 
шпильки 
P1’:T 
(соответствующие 
комплементарные нуклеотиды выделены серым цветом на рис. 3). В соответствии с моделью,  
представленной  на  рис.  3,  формирование  антитерминатора  (шпилька  P1’:T)  приводит  к 
разрушению  терминирующей  шпильки  T:T’  и  обеспечивает  сквозную  транскрипцию  pur-
оперона. Для проверки модели регуляции pur-оперона, приведенной на рис. 3 и основанной на 
изменении  конформации  сенсорной  РНК,  проведен  сайт-направленный  мутагенез    лидерной 
области pur-оперона. 

 
1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11

Похожие:

  автореферат диссертации разослан  «  6  »  сентября   2011 года  icon  автореферат диссертации разослан «30» октября 2012 года. 
В. С. Елистратова,  С. И. Левиковой,  В. М. Мокиенко,  Т. Г. Никитиной  и  др.,  со
  автореферат диссертации разослан  «  6  »  сентября   2011 года  icon  автореферат разослан  «    » сентября 2010 года. 

  автореферат диссертации разослан  «  6  »  сентября   2011 года  iconАвтореферат разослан 30 сентября 2006 года. 
Терминология.  В  диссертационной  работе,  для  изложения  результатов  исследования 
  автореферат диссертации разослан  «  6  »  сентября   2011 года  icon  автореферат разослан 15 сентября 2009 г. 
Декларации  принципов  толерантности  (1995  г.).  В  преамбуле  характеризуется 
  автореферат диссертации разослан  «  6  »  сентября   2011 года  icon  автореферат разослан «22»  сентября 2010 г. 
В  настоящее  время  одной  из  актуальных  проблем  современной  регенеративной 
  автореферат диссертации разослан  «  6  »  сентября   2011 года  icon  автореферат разослан «       » сентября 2007 г. 
Гоу впо «Российский государственный   профессионально-педагогический университет»  
  автореферат диссертации разослан  «  6  »  сентября   2011 года  icon  автореферат разослан       апреля 2008 года 

  автореферат диссертации разослан  «  6  »  сентября   2011 года  icon  автореферат разослан « 2 »  ноября  2010 года. 
На  1  января  2009  года  в  Италии  зарегистрировано  почти  4  млн.  279  тыс. 
  автореферат диссертации разослан  «  6  »  сентября   2011 года  icon  автореферат разослан « 13  » апреля 2007 года 
Ведущая организация: фгу  Всероссийский государственный центр                                            
  автореферат диссертации разослан  «  6  »  сентября   2011 года  iconАвтореферат диссертации на соискание ученой степени
Защита   диссертации   состоится   19   октября   2012   г.   в   11   часов   на   заседании 
Разместите кнопку на своём сайте:
kak.znate.ru


База данных защищена авторским правом ©kak.znate.ru 2012
обратиться к администрации
KakZnate
Главная страница